Подготовкой авиационных специалистов в НАА занимаются 5 факультетов (21 кафедра):

• "Летно-Техническая Эксплуатация Воздушного Транспорта";
• "Авиатранспортное Производство";
• "Аэрокосмический факультет";
• "Экономика и Право";
• "Заочный факультет";
а также
• "Центр Подготовки Авиационного Персонала" (ЦПАП).

Обучение в НАА проводится на азербайджанском и русском языках. Условия приема  - среднее и среднее специальное образование. Условия обучения - госбюджет и на контрактной основе. Срок обучения - 5 лет (инженер) и 4 года (бакалавр).
В 1999 году НАА по решению Межгосударственного Авиационного Комитета (МАК) получила Сертификат (свидетельство) Высшего Учебного Заведения Гражданской Авиации. НАА также включена в реестр учебных заведений международной авиационной организации ICAO.
НАА имеет четыре современно оснащенных учебных корпуса со специализированными аудиториями, учебные лаборатории, летные тренажеры по разным типам самолетов, Информационно-Вычислительный Центр (ИВЦ) и современный спортивный комплекс. Специализированные аудитории оснащены современным компьютерным мультимедийным оборудованием, техническими средствами обучения и контроля знаний.
При НАА действует Научно-Исследовательский Институт (НИИ) Авиации с опытным производством, в задачу которого входит обеспечение быстрого и оперативного выполнения комплекса работ от научных разработок до их внедрения в производство.
НАА располагает современной электронной библиотекой, а также книжным фондом, укомплектованным научно-технической, учебно-методической, справочной и специальной литературой. Библиотечный фонд постоянно обновляется и пополняется.
В НАА имеется также музей авиации, основная задача которого поиск, сбор, изучение, сохранение, пропаганда и доведение будущим поколениям материалов, отражающих историю авиации Азербайджана.